A anatomia da cabeça dos neandertalenses continuou tão distinta dos homens modernos, negando que estes tenham inserido em seu código genético uma herança daqueles (conforme a teoria de Bruce Lahn). Um gene para o tamanho do cérebro, mas nenhum para a forma do crânio, que preservasse maior proeminência do suporte ósseo para as sobrancelhas, dos dentes e das mandíbulas. Toda a estrutura esquelética dos neandertais era mais robusta e mais curta. Outra diferença anatômica, escreve Jared Diamond em O terceiro chimpanzé, consistia na largura maior do canal de parto da mulher neandertalense, o que pode indicar mais demorado desenvolvimento gestatório.
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